Celem kontroli skarbowej jest przede wszystkim ochrona interesów i praw majątkowych Skarbu Państwa oraz zapewnienie skuteczności wykonywania zobowiązań podatkowych i innych należności stanowiących dochód budżetu państwa – czyli upraszczając – weryfikacja poprawności naliczania i odprowadzania podatków.
Kontrolę skarbową sprawują organy kontroli skarbowej. W normalnym toku aktywności najbardziej prawdopodobne jest zetknięcie z dyrektorem urzędu kontroli skarbowej, bądź inspektorem. Na rzecz organów, w zakresie podejmowanych działań, przewidziano szerokie uprawnienia kompetencyjne. Na przykład mogą żądać udostępnienia i zbierać dane, w tym dane osobowe, bankowe i od instytucji finansowych. Dane takie powinny zostać udostępnione, w tym przez banki, choć wobec wystosowanego żądania, kierowanego w postaci postanowienia, przysługuje zażalenie do Generalnego Inspektora Kontroli Skarbowej. Inspektorzy mają obowiązek realizowania czynności służbowych jak najmniej naruszając przy tym dobra majątkowe i osobiste przedsiębiorców objętych kontrolą.
Inspektorzy mają prawo, w związku z realizacją zadań ustawowych, do legitymowania, zatrzymywania i przeszukiwania osób, pomieszczeń, rzeczy. Mogą także, w przewidzianych przypadkach, stosować środki przymusu bezpośredniego. Czynności inspektorów powinny być dokumentowane protokołami albo notatkami. Czynności kontrolnych dokonuje się w obecności kontrolowanego lub osoby przez niego wskazanej, chyba że on sam, w formie pisemnej, zrezygnuje z tego prawa. W określonych w ustawie przypadkach przysługuje zażalenie do właściwego miejscowo prokuratora rejonowego albo Generalnego Inspektora Kontroli Skarbowej.
Wszczęcie postępowania kontrolnego następuje wyłącznie z urzędu na podstawie stosownego postanowienia, o czym kontrolowany jest zawiadamiany. Momentem wszczęcia postępowania jest dzień doręczenia kontrolowanemu postanowienia o wszczęciu. W zawiadomieniu wskazuje się zakres kontroli – organ nie może go przekraczać. Kontrolę wszczyna się nie wcześniej niż po upływie 7 dni i nie później niż przed upływem 30 dni od dnia doręczenia zawiadomienia. Wszczęcie kontroli przed upływem 7 dni od dnia doręczenia zawiadomienia wymaga zgody kontrolowanego. Brak zgody nie kreuje negatywnych skutków. Istnieją jednak wyjątki od tej zasady. Dotyczą one m.in. postępowań kontrolnych dotyczących nieujawnionych źródeł przychodów, bądź niezgłoszonej do opodatkowania działalności gospodarczej.
Co istotne, w toku postępowania kontrolnego może być przeprowadzona kontrola podatkowa. W związku z prowadzonym postępowaniem kontrolnym lub kontrolą podatkową może być realizowana – potwierdzona protokołem – kontrola krzyżowa wobec kontrahentów kontrolowanego.
Postępowanie kontrolne kończy się wydaniem decyzji (w przypadku kontroli obejmującej podatki, w tym akcyzowy, opłaty i niepodatkowe należności budżetu państwa, których ustalanie należy do właściwości naczelników urzędów skarbowych) albo wynikiem kontroli (np. w zakresie dysponowania środkami z UE, bądź w przypadku złożenia w terminie deklaracji korygującej). Przed wydaniem decyzji albo wyniku kontroli kontrolowany ma 7 dni na wypowiedzenie się w sprawie zebranego materiału dowodowego. Warto w tym okresie wykazać się aktywnością. Decyzja oraz wynik muszą spełniać wymogi formalne, zakreślone przepisami. Decyzja może nie kończyć sprawy – kontrolowany będzie uprawniony do wniesienia odwołania albo wniosku o ponowne rozpatrzenie sprawy.
Należy pamiętać, że podobnie jak kontrolowany, kontrolujący także obowiązany jest do przestrzegania przepisów regulujących zakres i zasady prowadzenia kontroli. Postępowanie kontrolne powinno być załatwione bez zbędnej zwłoki, jednak nie później niż w ciągu miesiąca od daty wszczęcia, a dwóch tylko w szczególnych przypadkach.
