Należy odróżnić prawo do zwrotu VAT wykazanego w deklaracji podatkowej od prawa do dysponowania zwrotem podatku przez podatnika. Jedynie w sytuacji uznania przez organ podatkowy zasadności wykazanego przez podatnika zwrotu VAT możliwe będzie zaliczenie go na poczet zaległych zobowiązań podatkowych podatnika. Zatem dopóki organ finansowy nie wyda postanowienia w sprawie takiego zaliczenia, nie można uznać, że zaległe zobowiązanie wygasło w całości, a podatnik nie ma zaległości podatkowych.
