Wysokość opłaty prolongacyjnej powinna być ujednolicona dla wszystkich należności podatkowych. Aktualnie opłata prolongacyjna pobierana jest w związku z odroczeniem terminów płatności podatku i zaległości podatkowej oraz rozłożeniem ich na raty. Wysokość opłaty zależy od wysokości stawek odsetek za zwłokę – stanowi połowę jej wysokości. W odniesieniu do podatków stanowiących dochód Jednostek Samorządu Terytorialnego opłata wynosi natomiast nie więcej niż połowę wysokości stawek odsetek za zwłokę. Komisja Kodyfikacyjna Ogólnego Prawa Podatkowego proponuje również rozważenie poszerzenia katalogu przypadków, gdy w ogóle nie ustala się opłaty prolongacyjnej.
