Kontrole podatkowe będą prowadzone w różny sposób w zależności od tego, czy podatnik wywiązuje się ze swoich obowiązków. Zasady prowadzenia kontroli wobec podatników, którzy co do zasady wywiązują się z obowiązków podatkowych, będą opierać się na dotychczasowych rozwiązaniach zawartych w Ordynacji oraz w ustawie o swobodzie działalności gospodarczej. Inaczej wyglądać będą procedury w przypadku kontroli mającej na celu zwalczanie oszustw oraz przestępczości podatkowej. Procedura taka ma zostać określona w ustawie o kontroli skarbowej i łączyć w sobie części obecnych rozwiązań przewidzianych w poszczególnych ustawach, w tym przepisów dotyczących postępowania karnego.
